Основатель одного из первых в России музыкальных издательств, а также сети нотных магазинов, издатель медицинского журнала "Санкт-Петербургские Врачебные Ведомости" (1792–1794), ряда музыкальных периодических изданий: «Санкт-Петербургского магазина для клавикордов или пианофорте, посвященного любителям сего инструмента» (1794), альманаха «Карманные книжки для любителей музыки» (1795–1796) и совместно с И.В. Гесслером журнала "Магазин для распространения общеполезных знаний и изобретений, с присовокуплением Моднаго журнала, раскрашенных рисунков, и музыкальных нот" (1795).
Иоганн Даниель Герстенберг родился во Франкенхаузене (по другим сведениям в Готе). Долгое время жил в России: в Москве, Петербурге, Киеве. В 1791 г. основал в Санкт-Петербурге книжное издательство, в 1792 г. в северной столице им было создано одно из первых русских музыкальных издательств. Оно имело свою типографию, где печатались ноты, а также сеть магазинов для их продажи. Издательство торговало не только произведениями западных классиков, таких как В. Моцарт, Й. Гайдн, М. Клементи, но и нотами русских песен.
В 1792 г. книжное издательство Герстенберга предприняло попытку выпускать "Санкт-Петербургские Врачебные Ведомости" (1792–1794).
В его музыкальном издательстве печатались первые в России нотные журналы: в 1794 г. – «Санкт-Петербургский магазин для клавикордов или пианофорте, посвященный любителям сего инструмента», в 1795 г. – «Магазин для распространения общеполезных знаний и изобретений, с присовокуплением Моднаго журнала, раскрашенных рисунков, и музыкальных нот». В 1795 г. и 1796 г. вышел в свет первый русский музыкальный альманах «Карманные книжки для любителей музыки», который содержал сочинения русских композиторов и рассказы об их произведениях.
В конце жизни Герстенберг покинул Россию и вернулся в Германию. Умер в декабре 1841 г. в Хильдесхейме.